法律分析：1、补救方案：从来处理，开具对应的红字；从合同来处理：调整合同主体与流一致。
2、据理力争方案：根据暂行条例实施细则第12条（三）同时符合以下条件的代垫运费：1.承运部门的运费开具给购货方的，2.纳税人将该项转交给购货方的。所以运输可以由承运方开具给委托方。
法律依据：《中华人民共和国税收征收管理法》 第十九条 纳税人、扣缴义务人按照有关法律、行规和财政、税务主管部门的规定设置账簿，根据合法、有效凭证记账，进行核算。
《中华人民共和国会计法》 第十四条 会计机构、会计人员必须按照国家统一的会计制度的规定对原始凭证进行审核，对不真实、不合法的原始凭证有权不予接受，并向单位负责人报告记载不准确、不完整的原始凭证予以退回，并要求按照国家统一的会计制度的规定更正、补充。
《中华人民共和国管理办法》
第二十一条 所有单位和从事生产、经营活动的个人在购买商品、接受服务以及从事其他经营活动支付款项，应当向收款方取得。
第二十二条 不符合规定的，不得作为财务报销凭证，任何单位和个人有权拒收。